Cookie Run: Kingdom là game mô phỏng chiến đấu xây dựng thành phố và nhập vai. Trò chơi chủ yếu được chơi bằng cách xây dựng Vương quốc Cookie của người chơi và thu thập Cookie bằng cách sử dụng tính năng gacha của trò chơi để chiến đấu trong nhiều chế độ trò chơi khác nhau.

Khi bắt đầu trò chơi, người chơi nhận được một mảnh đất để xây dựng các công trình, trang trí vương quốc và thu thập tài nguyên. Để mở khóa thêm vật phẩm và tài nguyên, người chơi phải tăng cấp cho Lâu đài Cookie, các công trình sản xuất và Đài Phun nước Dồi dào (Fountain of Abundance). Hơn nữa, người chơi sẽ phải xây dựng các công trình bổ sung để sử dụng cho việc giao dịch hoặc nâng cấp. Người chơi có thể sản xuất tài nguyên cho vương quốc của mình bằng nhiều công trình sản xuất khác nhau. Lâu đài Cookie có thể được nâng cấp khi được cung cấp đủ vật phẩm và hoàn thành một số nhiệm vụ nhất định, cho phép người chơi mở rộng không gian có sẵn, nâng cấp các công trình và đặt thêm chúng. Người chơi cũng có thể mở rộng vùng đất của mình bằng cách sử dụng vật liệu hoặc chiến đấu với kẻ thù ở một số khu vực nhất định cùng với đội hình Cookie của họ.

Tính đến tháng 9 năm 2023, có hơn 100 cookie có thể chơi được trong trò chơi, được sử dụng làm đơn vị chiến đấu chính cho các chế độ khác nhau của trò chơi. Những cookie này có thể được thu thập qua tính năng gacha của trò chơi, có thể được thực hiện bằng cách sử dụng Đá Quý (Crystals) hoặc một loại tài nguyên tương ứng cho một Cookie cụ thể. Đá Quý có thể kiếm được thông qua nhiều phương pháp khác nhau trong trò chơi hoặc có thể mua bằng tiền thật. Người chơi sẽ đặt cookie thành một đội hình tối đa với tối đa là 5 đơn vị. Có 8 cấp độ hiếm cho các Cookie, từ Common đến Ancient, song song với 8 loại Cookie phục vụ các chức năng khác nhau trong trận chiến. Ví dụ: Cookie thuộc loại Support cung cấp sự kết hợp giữa khả năng hồi máu, sát thương và hỗ trợ tạm thời cho đồng minh và Cookie thuộc loại Magic có thể khử buff cho kẻ thù. Tất cả Cookie đều có một kỹ năng có thể được kích hoạt, gây sát thương, hồi máu hoặc các hiệu ứng khác. Những kỹ năng này có thời gian hồi chiêu ngắn trước khi có thể sử dụng lại.

Cookie có thể được tăng chỉ số bằng nhiều cách khác nhau. Các chỉ số chung là HP, CRIT%, Tấn công và Phòng thủ, được nâng cấp bằng cách tăng cấp cho nhân vật, điều này chủ yếu được thực hiện thông qua EXP Jellies. EXP Jellies nhận được khi chơi qua nhiều chế độ của trò chơi hoặc từ Cookie Houses cung cấp EXP Jellies theo thời gian. Sức mạnh của một kỹ năng có thể được tăng lên bằng Bột Kỹ năng (Skill Powders), có được thông qua Bounty hàng ngày cung cấp một loại Bột Kỹ năng cụ thể. Các loại Topping có thể được đặt trên một Cookie để cải thiện các chỉ số khác, chẳng hạn như thời gian hồi chiêu của một kỹ năng hoặc mức độ ảnh hưởng của Cookie đó đối với các hiệu ứng có hại. Có thể trang bị tối đa 5 chiếc và chúng phải được nâng cấp bằng cách sử dụng tiền xu và các mảnh Topping Pieces. Một số Cookie có thể có vật phẩm gọi là Kẹo Ma thuật (Magic Candy) để tăng sức mạnh và mang lại hiệu ứng mới cho kỹ năng của chúng. Kẹo Ma thuật yêu cầu một loại tinh thể và thành phần cộng hưởng cụ thể để nâng cấp. Cookie cũng có thể có được thông qua Soulstone hoặc Cookie Gacha và việc nhận được một lượng Soulstones nhất định cho một Cookie đã có tương ứng sẽ cho bạn cơ hội thăng cấp nó lên 5 sao, giúp tăng đáng kể HP, Tấn công và Phòng thủ. Sau khi một Cookie đạt đến 5 sao, chúng có thể được nâng cấp thêm thông qua "Thăng thiên" (Ascension), yêu cầu Soulcores (một phiên bản của Soulstone được mở khóa sau khi thăng cấp Cookie lên 5 sao) và Tinh chất Linh hồn (Soul Essence).

Chế độ câu chuyện chính, được gọi là "Khám phá thế giới" (World Exploration), chứa nhiều cấp độ được chơi theo thứ tự. Mỗi cấp độ được chơi bằng cách sử dụng một nhóm Cookies để tấn công nhiều kẻ thù và ở một số cấp độ, làm cho cookie của họ nhảy lên để thu thập tiền xu, tương tự như các trò chơi Cookie Run trước đây. Một chế độ trò chơi chính khác là Kingdom Arena, nơi người chơi có thể thăng cấp bằng cách chiến đấu với những người chơi khác. Theo thời gian, các chế độ khác được thêm vào có chức năng tương tự nhưng với cách tiếp cận khác.